Spartanの使い方D − グラフィックの設定
Setupメニューから”Surface”を選び計算結果の分子の表現について設定します。 Add..ボタン 新しいグラフィック表面を指定するために使用します。Spartan10ではよく使われるSurface条件についてAddボタンを押して現れるプルダウンメニューから選ぶことができます。 (i) Surface 分子全体の大きさ(density)や化学結合の位置(bond)を表示する等値面における電子密度,分子軌道(HOMO{-}, HOMO, LUMO, LUMO{+}, SOMO),静電ポテンシャル(potential),局所イオン化ポテンシャル(ionization)およびスピン密度(spin)等から選択します。"HOMO{-}"や"LUMO{+}"の場合、さらに、ボックスが表示されます。これをセットすることによりHOMOよりさらに低い軌道、LUMOより高い軌道の表面を表示させることができます。 (ii) Property Surfaceで電子密度(density),電子密度(potential)等を選択した時、何たとえば電子密度では"HOMOの電子密度”といった設定が必要になります。Propertyではこのような詳細を設定します。SurfaceでHOMO等を選択した場合、Propertyは無効になります。 (iii) Resolution Resolution解像度を設定します。高い分解能を選択すれば、計算が必要とする時間やファイルサイズが増大します。通常はデフォルトのMidiumから変更する必要はありません。 (iv) IsoValue Fixedの左のボックスをクリックすると,等値面で使用する値が表示されます(密度の場合はデフォルト0.002)。この値は変えることもできますが通常は必要ないと考えてよいでしょう。 表示されたグラフィックは表現方法で表示させることができます。下はアクロレインについて示したものです。 表示方法の選択は、作業ウィンドウのsurface上でマウスを左クリックし、現れたウィンドウ右下のプルダウンメニューから選択します。 以前のバージョンでのデフォルトは電荷等の変化は境目のないグラディエーションに表示されるよう設定されていましたが、Spartan10では設定した数の色の帯として表現される方法がデフォルトに設定されています。変更は、surfaceのProperty(Surface上で右クリック)を呼び出し、StyleのボックスのBandのチェックをはず事によって行います。 |